Creat atât ca centru de cercetare şi reflecţie, cât şi ca organizaţie non-lucrativă şi non-guvernamentală, INCOR îşi propune să dezvolte programe de acţiune în direcţiile următoare:

• Dezvoltarea dialogului politic la nivel regional şi european

• INCOR îşi propune să iniţieze un Consiliu al Înţelepţilor, compus din personalităţi politice, civice şi academice de mare prestigiu din regiune, din UE şi din Statele Unite, care să îşi asume acţiuni de prevenire şi mediere cu o mare autoritate şi eficacitate. Acest Consiliu ar urma să organizeze reuniuni periodice, consacrate marilor teme ale dezvoltării regionale, cu participarea factorilor de decizie politică, a personalităţilor academice şi culturale, a liderilor de opinie din regiune, precum şi din statele membre ale UE şi NATO.
• INCOR îşi propune să realizeze o reţea permanentă de comunicare electronică între organismele publice, academice şi non-guvernamentale, care ar putea să colaboreze la prevenirea şi gestionarea conflictelor. Prin video-conferinţe şi dezbateri lunare se va asigura o informare reciprocă de substanţă. De asemenea, INCOR va organiza ateliere periodice de experţi – reprezentanţi ai instituţiilor publice, ai mediilor academice şi ai ONG-urilor – pentru evaluarea riscurilor de securitate în regiune.
• INCOR va încuraja cooperarea şi dialogul între parlamentele din regiune, cooperarea la nivelul administraţiei publice centrale şi locale, contactele şi înfrăţirile între oraşe şi municipalităţi, implicându-se în acelaşi timp în dezvoltarea cooperării în cadrul euro-regiunilor existente şi în crearea unor noi euro-regiuni.
• INCOR îşi propune să dezvolte sesiuni special dedicate cooperării economice regionale şi să susţină iniţiativele mediilor de afaceri pentru o mai bună cunoaştere a posibilităţilor de cooperare şi de schimburi comerciale.
• Un program special va fi dedicat colaborării în domeniul combaterii criminalităţii transfrontaliere şi a riscurilor non-militare; INCOR va organiza reuniuni periodice între reprezentanţii Centrului Regional SECI şi structurile omoloage din celelalte ţări din spaţiul est-european, în vederea unei gestionări în comun a riscurilor comune.
• INCOR îşi propune să stimuleze crearea unei reţele de ONG-uri având drept scop dezvoltarea structurilor democratice şi a societăţii civile în estul şi sud-estul Europei, în vederea creării unei Forum al ONG-urilor care acţionează în regiune, precum şi a altor forme permanente şi flexibile de dialog între diferitele grupuri de reflexie şi ONG-uri interesate.
• INCOR va stimula şi va susţine toate formele de dialog academic şi cultural între ţările din regiune, finanţând, prin concurs internaţional, programe de schimburi şi de colaborare ştiinţifică şi culturală.
• INCOR îşi propune să dezvolte un program special dedicat dialogului ecumenic, relaţiei dintre societăţile şi organizaţiile de cult – creştine, musulmane şi altele – din regiune.

• Analiza factorilor de risc

• INCOR dispune de un grup propriu permanent de informare, analiză şi reflecţie privind temele regionale. Analizele pe care le va elabora acest grup vor fi accesibile tuturor organizaţiilor publice sau neguvernamentale interesate de activitatea Institutului.
• Grupul de analiză al INCOR-ului va dezvolta propriul său program de colaborare şi de dialog cu alte institute din regiune şi din spaţiul euro-atlantic, atât prin contacte directe, cât şi prin mijloace electronice.

• Formarea resurselor umane

Una din principalele vocaţii ale Institutului este cea de formare a liderilor şi a viitorilor lideri din regiune în spritul dialogului, negocierii şi prevenirii conflictelor. În acest sens, INCOR îşi propune următoarele tipuri de programe:

• Programe de formare intensivă, cu o durată de 6 – 8 zile (3 – 4 weekend-uri), dedicate familiarizării mediilor politice şi administrative deja active cu principiile şi metodele prevenirii şi medierii conflictelor.
• Programe de formare a viitorilor lideri, diplomaţi, mediatori internaţionali.
• Programe de formare doctorală complexă în domenii specifice – precum istorie regională, civilizaţie, antropologie culturală şi sociologie regională, limbi şi literaturi din aria pontică. Interesul specific al acestor programe ţine de formarea în comun a unei viitoare elite academice, având o capacitate sporită de dialog şi încredere reciprocă.
• INCOR va organiza dezbateri tematice regionale asupra unor subiecte de inters comun care ar putea influenţa percepţia reciprocă – manuale şi programe de istorie, creaţii literare, teatrale, ale artelor vizuale etc.

• Sensibilizarea mass-media  şi a liderilor de opinie

• INCOR îşi propune să organizeze periodic ateliere şi dezbateri pe teme regionale cu comentatorii specializaţi în probleme de politică internaţională din mass-media din regiune şi din Europa, acţiuni de cunoaştere reciprocă şi de colaborare între reprezentanţii mediilor de informare din estul şi sud-estul Europei.
• În toate activităţile de formare a viitorilor lideri vor fi incluşi şi tineri jurnalişti şi comentatori din ţările din estul şi sud-estul Europei.
• INCOR va organiza sejururi de studii în ţările din regiune pentru reprezentanţii marilor agenţii şi ai publicaţiilor din ţările membre NATO şi UE, în vederea unei percepţii mai exacte a problemelor regionale în mijloacele de comunicare în masă internaţionale.